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• 开源版：由于源代码公开，用户可以根据自己的需求自由修改和扩展 PyMOL，适合那些需要特定功能或希望定制化工作流程的用户。
• 商业版：虽然商业版功能强大，但源代码通常不公开，用户定制的自由度较低。不过，商业版通常已经包含了大部分研究所需的功能，因此无需额外定制。

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